Cem Say 1966 yılında Ankara'da doğdu. TED Ankara kolejinden mezun oldu. 1987 yılında Boğaziçi Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği bölümünden mezun oldu. Lise okurken TUBİTAK lise bursu aldı. Bilgisayar mühendisliği alanında aynı üniversitede doktorasını yaptı. Doktorasını yaparken TUBITAK doktora bursu aldı. 

Daha sonra Viyana Dil okulu bursu ve İtalyan Kültür Enstitüsü dil okulu burslarını aldı. Işık, Galatasaray ve Bilgi Üniversitelerinde görev yaptı. 2003 yılında Profesörlüğe yükseldi.

Boğaziçi Üniversitesinde Bilgisayar Bilimleri profesörü Cem Say yapay zeka ve kuantum hesaplamalar alanında araştırmalar yapmaktadır.